Al fine di perseguire gli scopi istituzionali, l'IBMDR collabora con il CNS e CNT e si avvale di poli funzionali quali i Registri Regionali e Interregionali, istituiti ai sensi dell’art. 3 della legge 52, i , i Poli di Reclutamento, che devono avvalersi di laboratori di tipizzazione HLA ,  i Centri Trapianti e i Centri Prelievi, le Banche di Sangue Cordonale appartenenti alla rete italiana ITCBN (Italian Cord Blood Network); corrisponde, inoltre con gli analoghi organismi istituiti negli altri paesi del mondo, i Registri Internazionali.

L’uso di procedure eticamente irreprensibili e tecnicamente adeguate è indicato da tre Commissioni Consultive che, oltre alle ovvie funzioni di consulenza, hanno compiti propositivi sulla tematica di loro pertinenza. Esse sono nominate allo scopo dalla associazione italiana di Immunogenetica e Biologia dei Trapianti (AIBT), dal Gruppo Italiano Trapianto di Midollo Osseo (GITMO) e dalla Società Italiana di Medicina Trasfusionale e di Immunoematologia (SIMTI).